พิพิธภัณฑ์เรือไทย ตั้งอยู่เลขที่ ๑๒ หมู่ ๑ ซอย บางเอียน๘ ถ.บางเอียน ต.ประตูชัย อ.พระนครศรีอยุธยา จ.พระนครศรีอยุธยา แต่ถ้าท่านมาเป็นหมู่คณะ ขอแนะนำเส้นทางที่สะดวกมากขึ้น โดยใช้เส้นทางเข้าเมือง จาก ถนนโรจนะ ข้ามแม่น้ำป่าสักที่สะพานสมเด็จพระนเรศวรตรงถึงสี่แยกที่สอง ให้เลี้ยวขวา โปรดสังเกต ปั้มน้ำมัน ปตท. ทางขวา.ที่สี่แยกนี้ เข้าสู่ถนนชีกุน ตรงมาผ่านโรงเรียนอยุธยาวิทยาลัยทางด้านซ้าย เข้าสู่วงเวียน ซึ่งมีน้ำพุ ประดับรูปปั้นกลุ่มนางมโนราห์และราชสีห์ที่สวยงามที่สุดของจังหวัด ตรงมาถึงสามแยกองค์การ โทรศํพท์ ให้ผ่านมาประมาณหนึ่งร้อยเมตร จะถึงสามแยก ด้านหลังขององค์การโทรศัพท์ ให้เลี้ยวขวาที่แยกนี้เข้าสู่ถนนหอรัตนไชย สังเกตว่าที่สามแยกจะอยู่ตรงข้ามวัดมหาธาตุ วิ่งมาตามถนน ประมาณห้าร้อยเมตร จะถึงสี่แยก และผ่านสี่แยก ตรงมาประมาณ ห้าสิบเมตร มองทางด้านขวาจะเห็นป้ายพิพิธภัณฑ์เรือไทย อาคารทรงไทย สองชั้น หลังคาสีหมากสุก ท่านสามารถจอดรถได้ที่ริมถนนหอรัตนไชย ด้านหน้าพิพิธภัณฑ์ทั้งสองฝั่ง