ส่วนที่หนึ่ง อาคารเรือโบราณ จัดแสดงเรือโบราณ ซึ่งเคยใช้งานจริงในอดีต บางลำมีอายุกว่าร้อยปี เช่น เรือชะล่า ไม้สัก ยาว ๘.๕ เมตร เรือมาดประทุน เรือมาดเก๋ง ขุดจากไม้ตะเคียนทั้งต้น เรือหมู เรือพายม้า เรือขุดที่มีความอ่อนช้อย สวยงาม เรือบดเกล็ด ซึ่งเป็นเรือที่เป็นของรางวัลที่หนึ่งจากงานประจำปีของอยุธยาในอดีต เรือโปงตาล ซึ่งขุดมาจากต้นตาลทั้งต้นเช่นกัน นอกจากนี้ ยังได้จัดแสดงนิทรรศการถาวร ความรู้เกี่ยวกับเรือไทย ภาพเขียนเรือต่างๆ จากฝีมือของอาจารย์ไพฑูรย์ และแผนที่อยุธยา แสดงวัดวาอาราม โบราณสถาน แม่น้ำลำคลอง ในอดีต แผ่นต้นฉบับ จากผลงานการสำรวจ ของคุณ เคน เมย์ ชาวอเมริกัน ที่สนใจประวัติศาสตร์ของอยุธยาและรักการเดินทางโดยทางเรือเป็นชีวิต

ส่วนที่สอง อาคารทรงไทย ทำด้วยไม้สักทอง จัดแสดงเรือจำลองประเภทต่างๆ จากฝีมือของอาจารย์ไพฑูรย์ ได้แก่ เรือพระราชพิธีจำลอง เช่น เรือพระที่นั่งสุพรรณหงส์ เรือพระที่นั่งนารายณ์ทรงสุบรรณรัชกาลที่๙ เรือพระที่นั่งอนันตนาคราช เป็นต้น เรือสำเภาประเภทต่างๆ เรือเมล์ เรือยนต์ และเรือพื้นบ้านจำลองของไทยทุกประเภท ตลอดจนเครื่องมือที่ใช้ในการต่อเรือในอดีต เช่น ขวาน ผึ่ง สว่าน โฉเฉ เลื่อยลันดา เลื่อยช้อน ซึ่งมิได้ใช้ไฟฟ้า แต่อย่างใด

ส่วนที่สาม บริเวณภายนอกอาคาร ซึ่งจัดแสดงเรือขนาดใหญ่ กลางแจ้ง เช่น เรือกระแชงต่อด้วยไม้สัก เป็นเรือซึ่งใช้บรรทุกข้าวเปลือก เรือเครื่องเทศ หรือเรือข้างกระดาน ซึ่งได้รับบริจาคมาจากครอบครัว “พุฒตาล” เป็นเรือซึ่งใช้ค้าขายเครื่องเทศ ของใช้ เครื่องครัวประเภทต่างๆ เคยใช้ขึ้นล่องไปค้าขายมากกว่า สิบจังหวัด เรือสุวรรณวิจิก( จำลอง) ขุดจากไม้ตะเคียนทั้งต้น ความยาวมากกว่า สิบสองเมตร ที่ใช้ในการถ่ายสารคดี “เสด็จประพาสต้น”ของพระพุทธเจ้าหลวง และเรือยนต์ “ไพฑูรย์รัตนาวา” ซึ่งออกแบบและต่อขึ้นเองโดยอาจารย์ไพฑูรย์ เมื่อสี่สิบปีก่อน สำหรับครอบครัว ขาวมาลา ใช้เดินทางจากบ้านเดิมที่ริมแม่น้ำลพบุรี มาสอนหนังสือในเกาะเมือง ที่โรงเรียนช่างต่อเรือ นอกจากนี้ ยังมี เรือสำปั้นขายกาแฟ สำปั้นขายก๋วยเตี๋ยว สำปั้นพายขายขนมไทย เรือเหล่านี้ได้รับการบูรณะ ซ่อมแซมให้คงอยู่ในสภาพเดิมเมื่อครั้งอดีต และพื้นที่สาธิตการทำเรือจำลอง ให้ผู้สนใจได้เยี่ยมชมอีกด้วย